iOS の仕様上、アプリケーションの起動制限をおこなうと、ホーム画面に表示される Web クリップ（ショートカットアイコン）もアプリケーションとして取り扱われることから、Web クリップが非表示となります。

そのため、AppleConfigurator 2、または制限設定プロファイルの作成時において、以下の値を「利用を許可するアプリ」として登録することで、Web クリップが正しく表示されるようになります。

設定する値

com.apple.webapp

あわせて、Web クリップの遷移先となる Safari の利用を許可する必要があります。