Xcode にてアプリのプロジェクトに icon.png を追加するときに、参照するか追加するかを選択できます。

その時「追加」を選択した場合にのみ、アプリアイコンが表示されます。

あわせて、アプリを作る際に Payload か ipa の直下に icon.png があるかご確認ください。

※ .ipa ファイルは圧縮ファイルであるため、解凍ソフトを使用してファイルを展開します。この際、ipa 直下か「Payload」フォルダの中に icon.png ファイルがあるかどうかご確認ください。